病毒就像电影中的反派一样,有两种运作方式:冷却或杀死。
它们可以低调地潜入人体的防御系统,也可以继续攻击,从藏身之处炸开,向四面八方射击。病毒攻击几乎都是自杀式的任务,它会撕裂病毒赖以生存的细胞。只有当周围有足够多的健康细胞被感染时,这种攻击才能成功。如果密集的病毒颗粒没有击中任何东西,病毒就无法维持自身。它不会死,因为严格来说病毒不是活的,但它停止了功能。
因此,对于病毒来说,关键的挑战是决定何时从冷却模式切换到杀伤模式。
四年前,普林斯顿大学的生物学家邦妮·巴斯勒(Bonnie Bassler)和她当时的研究生贾斯汀·西尔佩(Justin Silpe)发现,一种病毒有一个关键的优势:它可以窃听细菌之间的交流。
具体来说,它会监听细菌细胞在达到自身目的的临界数量时释放的“我们有一个法定数量!”化学物质。(这种细菌交流过程的最初发现被称为群体感应,巴斯勒和她的同事们因此获得了一系列奖项。)
现在,巴斯勒、西尔普和他们的研究同事发现,数十种病毒对群体感应或其他来自细菌的化学信号有反应。他们的研究发表在最新一期的《自然》杂志上。
巴斯勒说:“世界上到处都是病毒,它们可以监视适当的宿主信息。”巴斯勒是普林斯顿大学分子生物学教授,也是分子生物学系主任。“我们不知道所有的刺激因素是什么,但我们在这篇论文中表明,这是一种常见的机制。”
他们不仅证明了这种策略的丰富性,而且还发现了控制这种策略的工具,并发出信号,告诉病毒从寒冷模式切换到杀死模式。
这种攻击细菌细胞的病毒,被称为噬菌体,或者简称噬菌体,会在细菌细胞表面着陆,并将它们的基因传递到细胞中。不止一种噬菌体可以同时感染细菌,只要它们都处于低温模式,生物学家称之为溶原性。当它涉及多个噬菌体在单个细菌中冷却时,它被称为多溶原性。
在多溶原性中,噬菌体可以共存,让细胞像健康细胞一样反复复制自己,病毒的DNA或RNA隐藏在细菌自己的DNA或RNA中,与细胞一起复制。
...(897 chars omitted)...勒说:“没有人想到会有三个亚种群。”“那真是令人兴奋的一天,”约翰逊说。“我可以看到不同的细胞进行所有可能的噬菌体生产组合——诱导一种噬菌体,诱导另一种,诱导两种。有些细胞不能诱导这两种噬菌体。”
另一个挑战是找到一种方法,一次只触发两种噬菌体中的一种。
西尔佩在哈佛完成博士后研究后,以博士后助理的身份回到巴斯勒的实验室,率先发现了诱发因素。虽然该团队仍然不知道这些噬菌体在自然界中对什么信号做出反应,但Silpe已经为每个噬菌体设计了一种特定的人工化学触发器。巴斯勒小组的另一位博士后格蕾丝·贝格斯(Grace Beggs)在人工系统的分子分析方面发挥了重要作用。
当Silpe将多溶原细胞暴露在他的提示下时,只有对他的人工触发作出反应的噬菌体在所有细胞中复制。另一个噬菌体则完全处于低温模式。
“我认为这行不通,”他说。“我希望,因为我的策略没有模仿自然界中发现的真实过程,所以两种噬菌体都会复制。令人惊讶的是,我们只看到了一个噬菌体。据我所知,以前从来没有人这样做过。”
巴斯勒说:“我认为没有人想过要问一个关于噬菌体战争是如何在单个细胞中进行的问题,因为他们认为他们做不到,直到格蕾丝J.和贾斯汀做了他们的实验。”“细菌真的很小。即使是单个细菌也很难成像,而且要成像细菌内部的噬菌体基因也非常非常困难。我们说的是比小还小。”
约翰逊一直在改造成像平台——荧光原位杂交,通常被称为FISH——用于另一个涉及生物膜的群体感应项目,但当她在一次小组会议上听到Silpe分享他的研究时,她意识到FISH可以揭示到目前为止关于窃听噬菌体的棘手秘密。
世界上大多数细菌体内都有不止一个噬菌体,“但是没有人能够像这两个噬菌体那样对它们进行操作和成像,”巴斯勒说。“狡猾的策略是,他们可以根据需要诱导一个噬菌体,另一个噬菌体,或两个噬菌体,这是贾斯汀的妙招,然后能够实际看到它在单个细胞中发生?这也是前所未有的。我们可以看到噬菌体在单细胞水平上的战争。”
巴斯勒补充说,几乎所有病毒基因组上的基因都是神秘的。我们根本不知道大多数病毒基因的作用。
“是的,在这里,我们发现了一些噬菌体基因的功能,我们证明了它们的工作是启用这种完全意想不到的冷却-杀死开关,这种开关决定了哪个噬菌体在噬菌体战争中获胜。这一发现表明,可能还有更令人兴奋的过程有待发现。”
“噬菌体在70年前开启了分子生物学时代,它们作为治疗方法和在进化过程中部署的令人难以置信的分子技巧库重新流行起来。这是一个宝藏,几乎完全没有被探索过。”
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